Der ganz in Schwarz gekleidete Revolverheld El Topo (Alejandro Jadorowsky) hält sich für einen Gott und zieht zusammen mit seinem siebenjährigen Sohn Brontis (Brontis Jadorowsky), der ihn nackt begleitet, durch die Gegend. Auf ihrer Reise passieren sie ein Dorf, in dem unfassbar grausame Taten verübt wurden. Die Dorfbevölkerung wurde bis auf einen Überlebenden ausgelöscht. Der Überlebende schickt die beiden zu einem Franziskaner-Kloster, wo sich die Täter verschanzt haben. Dort angekommen erschießen El Topo und sein kleiner Junge die Ganoven. Dann nimmt sich der rächende Revolverheld die Geliebte des Anführers, Mara (Mara Lorenzio), gewaltsam zu seiner Frau. Doch diese verdreht El Topo den Kopf und stiftet ihn zu Morden an...